1990. május és augusztus között az Országgyűlés elnöke és ideiglenes köztársasági elnök. 1990. augusztus 3-án (Antall József és Tölgyessy Péter, azaz az MDF és az SZDSZ vezetői közötti kompromisszum értelmében) megválasztották a Magyar Köztársaság elnökének. Országgyűlési mandátumáról lemondott, párttagságát szüneteltette. 1995-ben újabb ötéves időszakra választották meg, posztját 2000. augusztus 3-áig töltötte be. Ugyancsak 1995-ben megkapta a NOB Olimpiai Érdemrend arany fokozatát. Tíz éves elnöki periódusa alatt végig kimagaslóan vezette a politikai népszerűségi listákat.